De organisaties die zijn aangesloten bij de Kenniscoalitie hebben de Nationale Wetenschapsagenda opgesteld. Hiertoe vormden zij een stuurgroep onder voorzitterschap van hoogleraren Beatrice de Graaf en Alexander Rinnooy Kan. Louise Gunning heeft De Graaf en Rinnooy Kan opgevolgd  na de oplevering van de Nationale Wetenschapsagenda.

De klankbordgroep gaf de stuurgroep gevraagd en ongevraagd advies, participeerde in de conferenties en heeft relaties gelegd met strategische agenda’s, kennisinstellingen en adviesorganen.

Het secretariaat van de Nationale Wetenschapsagenda is ondergebracht bij NWO en ondersteunt de stuurgroep en de voorzitter.